水分：含膜的潮湿咖啡豆之水分含量约为50﹪；干燥之生咖啡豆约为10﹪~13﹪；（水分以多种不同的物理及化学结合的方式，存在咖啡豆中）

矿物质：约占生咖啡豆干物重的4﹪；其中以钾的含量为最多，约占所有矿物质量的40﹪，其次为钙、镁、磷、钠及硫等。其它尚有许多含量在ppm层次的微量元素，如锌、锰、铜、铷等33种以上。

（咖啡豆中所含矿物质并不能用来表示咖啡或咖啡粉制品的含量）

碳水化合物：咖啡豆中所含的碳水化合物可以分成多醣类和低分子量糖类。后者包含单、双及三糖类等碳水化合物。此外，又可以分成还原糖及非还原糖。也含有一些衍生物，如果胶等。

多醣类：约占干物量的40%~50﹪。依种类来分，则有聚合半乳糖、聚合廿露糖、聚合阿拉伯糖及纤维素，这些都是构成咖啡豆质体的物质，且与咖啡豆的硬度有关。

低分子量糖类：蔗糖是生咖啡豆中最主要的游离态糖类，其含量依品种、来源及成熟度而异。一般而言，阿拉比卡咖啡豆所含蔗糖量较低，Robusta咖啡豆为高；生咖啡豆抽出液中亦可测得他种简单的糖类，包括还原糖。生咖啡豆中也含有葡萄糖及果糖，arabica的含量较Robusta的含量为低，此外Arabica的总还原糖亦低于Robusta。

有机酸：生的Arabica咖啡豆所含非挥发性酸包括了柠檬酸、苹果酸、草酸及酒石酸等。

在冲调咖啡时，酸度的表现是很重要的，在良好的条件及技巧下，可发展出酸度清爽的特殊口味，是高级咖啡必备的条件。

蛋白质及氨基酸：以粗蛋白计，生咖啡豆含量约13﹪~16﹪，若扣除咖啡因及葫芦巴碱等含氮化合物，真正蛋白质的含量约为8.8﹪~9.7﹪。

生咖啡豆中也含有多种酵素，如脂肪分解酵素、蛋白质分解酵素、醣类分解酵素、半乳糖水解酵素及过氧化酵素等。生咖啡豆约含有0.15﹪~0.25﹪的游离氨基酸，Robusta的含量比Arabica为高，这些游离氨基酸对于咖啡风味的影响程度较高，对于口味的影响较少。

氯原酸：氯原酸至少有3种以上的异构物存在，其功能主要在于咖啡植株生理调节，包括：促进生长、根茎的形成、抗菌、防病虫害及成为木质素之前趋物等。

在生咖啡豆中，Robusta的含量较Arabica为多，湿式加工之生咖啡豆的含量约比干式加工法低40﹪。

脂肪：生咖啡豆的脂肪由存在于胚乳中之咖啡油(coffeeoil)及存在于咖啡豆外层的蜡质所组成的，咖啡油不仅含有三甘油脂，也含有相当量的其它脂肪成分，它形成咖啡的特质，对于咖啡是很重要的。

生咖啡豆所含之咖啡油含量及组成分，因品种等之差异而有所不同，Arabica咖啡豆的平均含量为干物量的15﹪，标准差为0.78﹪，Rbusta咖啡豆之含量为10﹪，标准差为1.41﹪。

挥发性物质：咖啡挥发性物质的种类繁多，其存在状况会影响咖啡香气质量。其主要来源为来自生豆中非挥发性物质在焙炒过程中，被断开或经反应后所衍生而来。

热分解、其它反应或组成分间之作用，如糖类、氨基酸、有机酸及酚类化合物等之作用结果，形成咖啡特有的香气与风味。影响咖啡挥发性物质组成分的因素包括:咖啡豆的品种、栽培气候、土壤条件、生豆之保存、焙炒温度及时间、焙炒设备等因素。生咖啡豆并不含咖啡的特殊香气，因此并不直接食用，必须经过焙炒后才会生成大量挥发性香气物质。

果胶及木质素：果胶是由多种多醣类所结合而成的物质，其主要组成分为半乳糖酸之聚合物、俊糖酸及鼠李糖等，其含量达3﹪以上。木质素是植物体利用硫酸及苛性碱处理后所剩余的不溶性残渣，亦即所谓的咖啡纤维，其含量约为2.4%。

含氮化合物：生咖啡豆中所含之含氮化合物可区分成植物碱、葫芦巴碱（trigonelline）、烟碱酸、蛋白质及游离氨基酸等。

植物碱：主要为咖啡因(caffeine)，在生咖啡豆中之含量，因品种上之不同，有很大的差异。以robusta的含量较高，平均约为干物量的2.2﹪，arabica的含量较少，平均约1.2%左右。近年在爪哇及科特迪瓦已栽培出低咖啡因品种的咖啡豆，其咖啡因的含量仅为0.2﹪。咖啡因可以利用多种方法加以去除，制成各种去咖啡因制品，去咖啡因速溶咖啡粉之咖啡因含量为0.3﹪以下，一般商品都控制在0.1﹪~0.2﹪之间。

咖啡因可以说是咖啡的精神所在，也是最受争议的事项。咖啡因虽然没有异臭味，但具有显著的苦味。虽然有人想利用咖啡苦味程度之有无相同来判断咖啡因含量之多寡，但并未能完全成功，因为咖啡因的苦味仅占咖啡苦味的一小部分，因此对于去咖啡因咖啡的苦味并未有太多的影向。咖啡因在被人体消化以后，可快速的被吸收及代谢，并藉由尿液中排出。

咖啡因在人体血液中含量的增高状况，依胃中含量而定。咖啡因对人体生理效应最显著的作用是对于中枢神经的刺激作用，至于对脑部活性生成变化所需剂量极高，比一般正常摄取量高出许多，其它较受人瞩目的生理效应为对于血压、心脏血管的影向等问题。

葫芦巴碱(trigonelline)：葫芦巴碱是具有吸湿性的无色结晶，在水中的溶解性极佳，它也具有低程度的生理作用，主要为中枢神经系统、胆汁之分泌及肠道之蠕动。葫芦巴碱直接对咖啡质量所造成的影响是很微小的，其苦味仅为咖啡因的四分之一，由于它的存在量很少，因此对于口味上的影向并不很大。在生咖啡豆中的含量，依品种之不同而有所差异，Arabica的含量较Robusta高。

烟碱酸：烟碱酸在生咖啡豆中的含量很少，但是在经过焙炒以后，则有增加的现象，主要的原因是它来自葫芦巴碱分解作用的结果。